В 1941 году Василий Иванович был одним из секретарей Минского областного комитета партии. В предвоенные годы развертывалось большое строительство. Столица республики начала генеральную реконструкцию. Воздвигались новые предприятия. Большая работа проводилась на селе. Началось осушение Полесской низменности. Народ был занят мирным созидательным трудом. В. И. Козлов являлся активным участником и организатором всех этих дел, направленных на изменение экономического и культурного облика Минской области и республики.
Война опрокинула планы мирного труда. Перед людьми встала главная задача — мобилизовать все силы, все средства на оборону страны от лютого и беспощадного врага. Коммунисты сразу же стали на самые ответственные участки этой обороны. Вся деятельность обкома партии в первые дни войны была направлена на оказание помощи Краской Армии, на эвакуацию в тыл фабрик и заводов, населения, мобилизацию военнообязанных, на обеспечение бесперебойной работы железнодорожного транспорта, сооружение оборонных укреплений, на борьбу с фашистскими диверсантами, парашютистами и лазутчиками. Проводя эту большую и напряженную работу, коммунисты Минщины, как и всей Белоруссии, не забывали и о второй ответственной задаче: быть готовыми в случае оккупации страны врагом к переходу на подпольные формы борьбы с фашистами, к организации массового партизанского движения. Подбирали надежных людей, которые могли бы возглавить это движение. Готовили материальную базу, оружие, намечали сеть связных, подпольные центры, места явок и т. д. Делалось все, чтобы каждый район, город, крупный населенный пункт готовился к активной борьбе с врагом.
Наступил июль. Уже были захвачены врагом столица республики — Минск и многие другие города. Василий Иванович получил разрешение ЦК КПБ отправиться с отобранной им группой людей на оккупированную гитлеровцами территорию для организации партийного подполья и партизанской борьбы. Сборы были недолгими. В группе Василия Ивановича были секретари обкома А. Ф. Брагин, И. А. Вельский, И. Д. Варвашеня, прокурор области А. Г. Бондарь, секретарь Плещеницкого райкома партии Р. Н. Мачульский, секретарь Слуцкого райкома партии А. И. Степанова и другие. На В. И. Козлова возлагались обязанности первого секретаря подпольного обкома партии. Он был также командиром соединения партизан области и уполномоченным ЦК КП Белоруссии по развертыванию партизанского движения на оккупированной территории Белоруссии.
Так с первых дней войны начало зарождаться и действовать партийное подполье и партизанское движение на Минщине.
Во всех районах области и столице республики советские люди активно выступали против фашистских захватчиков: сжигали склады, еще не имея подрывных мин, пускали под откос вражеские эшелоны. Одна из старобинских партизанских групп в первые дни войны обстреляла моторизованную фашистскую дивизию, умело организованными засадами на несколько дней задержала ее продвижение к фронту. И это сделали несколько десятков человек во главе с подпольщиками, прекрасно знавшими местность и умело использовавшими ее для незаметного передвижения и неожиданных обстрелов растянувшейся на болотной гати дивизии.
Партизаны были недосягаемы для врага. Пользуясь только им известными болотными тропками, они делали внезапные вылазки и так же внезапно исчезали, избегая лобовой атаки. Трое партизан удачно захватили немецкую автомашину и, нарядившись в немецкую форму, поехали в местечко Погост, где стоял большой гарнизон оккупантов. На глазах у немцев они похитили бургомистра со всей его канцелярией и важными документами. Это был гнусный предатель, выдававший врагам советских патриотов. Он получил по заслугам.
В суровых условиях вражеского тыла зарождались и начали активно действовать подпольные партийные группы, вооруженные боевые отряды, диверсионные группы.
Партизанское движение росло с каждым днем. Появлялись новые отряды, новые группы. Они пополнялись местным населением, оставшимися для подпольной работы партийными и советскими работниками, бежавшими из фашистских лагерей военнопленными, а также ранеными в боях воинами Красной Армии, невольно попавшими в окружение, подобранными населением и заботливо выхоженными им, невзирая на лютые репрессии, которыми грозили фашисты каждому, кто давал убежище советскому воину.
Первые месяцы борьбы подпольщики и партизаны не имели, конечно, необходимого им ни боевого опыта, ни разработанной тактики. Все это приходило в ходе борьбы с врагом: постепенно накапливался опыт, вырабатывалась соответствующая тактика. «Был взят курс на то, — пишет Василий Иванович в своей книге «Люди особого склада», — чтобы с первых шагов своей деятельности партизанские группы становились партизанскими отрядами, привыкали вести широкие боевые действия, маневрировать, оказывать сопротивление. А будут у партизан успехи в борьбе с врагами — будет нм обеспечена и поддержка народа. Люди и у себя дома не подведут, и в лес дорогу найдут».
Вначале Минский подпольный обком партии обосновался в Любанском районе. Здесь и было проведено первое заседание подпольного обкома с участием первых руководителей отрядов партизан, а затем и первое собрание коммунистов этого района. Но в конце августа 1941 года обком перебазировался к Червонному озеру, наиболее удобно связанному с другими районами. Кругом леса, непролазные для фашистов, гиблые болота. В годы первых пятилеток на болотах в этих местах были проведены мелиоративные работы, появились десятки осушительных каналов. Ими пользовались жители местных деревень и как удобными путями сообщения. Василий Иванович, некогда работавший секретарем Старобинекого райкома партии, хорошо знал окрестности. Лучшего места для временной базы подпольного обкома и создаваемого партизанского соединения нельзя было и желать. Оно и стало удобным центром руководства на первое время боевыми действиями партизанских отрядов Минщины и Полесья. Отсюда шли более безопасные и удобные пути для связи с другими соседними районами. Озеро находилось на стыке нескольких заболоченных и лесных районов.